TRIESTE - Dalle copie mutate dei geni nuove informazioni su prognosi tumori e metastasi

Il numero di copie mutate di un gene presenti nelle cellule tumorali può fornire informazioni sulla prognosi e sulla probabilità di sviluppo delle metastasi. È quanto emerge da uno studio coordinato dall’Università di Trieste e pubblicato su Nature Genetics, che ha analizzato oltre 60mila campioni clinici relativi a 39 tipi di tumore e più di 500mila mutazioni. Il gruppo guidato da Giulio Caravagna, docente di Informatica dell’ateneo triestino e responsabile del Cancer Data Science Laboratory, ha sviluppato INCOMMON, metodo computazionale open source che permette di stimare il cosiddetto “dosaggio mutazionale” dei geni partendo dai pannelli di sequenziamento già comunemente utilizzati nella pratica oncologica. L’obiettivo è superare la semplice distinzione tra gene mutato e non mutato, valutando quante copie della mutazione siano effettivamente presenti e mettendo l’informazione in relazione con l’assetto genomico complessivo del tumore. «INCOMMON – spiega Caravagna – rappresenta un nuovo approccio per ottenere analisi a risoluzione superiore rispetto allo standard, anche senza modificare la tipologia di dato generato». Stratificando oltre 20mila pazienti, i ricercatori hanno individuato 46 biomarcatori specifici per tumore associati alla sopravvivenza complessiva: 13, distribuiti in 12 tipi di cancro, non sarebbero emersi utilizzando i modelli tradizionali. Lo studio ha inoltre identificato 26 biomarcatori ricorrentemente associati alla diffusione metastatica in dieci tipi di cancro e altri 20 capaci di predire la tendenza del tumore a diffondersi verso determinati organi in cinque tipi di neoplasia. «Il dosaggio mutazionale sembra catturare proprietà biologiche dei tumori che non emergono quando le mutazioni vengono considerate solo come presenti o assenti», sottolinea Eriseld Krasniqi, medico oncologo dell’IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Elena di Roma, dottorando UniTS e primo autore dell’articolo. Prima di un’applicazione clinica saranno necessarie ulteriori validazioni, mentre i prossimi studi potranno valutare anche il possibile rapporto tra dosaggio mutazionale e risposta a specifiche terapie.